Para desabilitar a montagem automática de partições NTSF no Ubuntu, basta editar o arquivo fstab e comentar as linhas que fazem referência às partições desejadas. Como root, execute o seguinte comando:
# gedit /etc/fstabComente as linhas desejadas (adicionar
# na frente da linha). No meu caso foram as linhas que faziam referência a /dev/hda1 e /dev/hda5. Salve, feche o arquivo e pronto!